El primer Rector y Fundador es el Ingeniero Juan Sánchez Barquero(1983 -1988), posteriormente fue nombrado por la Junta de Gobierno del país, el Arquitecto Edgar Herrera Zúñiga (1994- 1990) posteriormente y con la creación de la Ley de Autonomía de las Instituciones de Educación Superior y por mandato del Consejo Universitario, el Arquitecto Herrera extiende su periodo de gobierno hasta el año 1994, año en que se convoca a elecciones de Autoridades, siendo electos los Rectores en los períodos subsiguientes:

1983 - 1988: Ing. Juan Sánchez Barquero.
1988 - 1994: Arq. Edgar Herrera Zúniga.
1994 - 1998: Ing. Arturo Collado Maldonado.
1998 - 2002: Ing. Mario Caldera Alfaro.
2002 - 2010: Ing. Aldo Urbina Villalta.

Ing. Juan Sánchez Barquero (1983 - 1988)

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LOGROS

1. Decreto de creación de la UNI , el 7 de febrero de 1983.
2. Conformación de la Unidad de Ciencias Básicas y primera matrícula, en 1983.
3. Integración física, en la UNI , de las carreras, facultades y escuelas vinculadas a la enseñanza de las ingenierías y arquitectura. Se fusionó la Facultad de CCFF y MM de la UNAN , la Facultad de Ingeniería de la UCA y el ITESPAP, en marzo de 1985.
4. Creación de las Facultades de: Tecnología de la Construcción , Tecnología de la Industria y Carreras Técnicas, en 1985.
5. Creación de la primera unidad de postgrado: el Programa de Ingeniería Ambiental, INGAM, en 1986. Instauración dentro del INGAM, la primera maestría de la UNI : “Maestría en ingeniería Ambiental”, con el apoyo técnico y financiero de la OPS , de la Universidad Técnica de Delft y del gobierno de Holanda.
6. Creación de la primera unidad de investigación y extensión: la Dirección de Investigación y Orientación Tecnológica, DINOT, en 1985, con especialización en aplicaciones en energía renovable. Esta unidad recibió la cooperación de la ONG Italiana , Grupo Voluntariato Civile, GVC y en 1989 la cooperación del gobierno de Austria a través de la empresa SUCHER & HOLZER.
7. Creación de la revista científica, denominada “Nexo” en 1987, financiada por el GVC.
8. Instauración del primer programa internacional para la calificación de docentes, cuya modalidad de estudio es “Sándwich”. Este programa se realizó con la cooperación Sueca, en 1986, a través de la KTH.
9. Instauración de la administración del dominio de Internet en el país, nic.ni, en la UNI , 1986.
10. Primer diploma de estudios de pregrado, otorgado por la UNI , en 1987.

Arq. Edgar Herrera Zúniga (1988 - 1994)

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LOGROS

1. Mediante la ley 89, la UNI , pasa a ser miembro del Consejo nacional de Universidades, en abril de 1990.
2. Primeras elecciones de Autoridades en la UNI y conformación del Primer Consejo Universitario, en mayo-junio de 1990, conforme la ley 89.
3. Creación de las facultades: Ingeniería Química, Arquitectura, y Electrotecnia y computación, en 1990.
4. Primer Título de Ingeniería y de Arquitectura, otorgado por UNI, en 1991.
5. Primer Foro Nacional de Ciencia y Tecnología, con la participación del estado, la academia, el sector empresarial, organismos no gubernamentales y la sociedad civil, desarrollado en 1991.
6. Creación de la Dirección de Educación Continua, en 1992, para atender las necesidades capacitación en cursos de refrescamiento y cursos libres de los egresados y graduados.
7. Creación del Centro de Nivelación de Estudios Generales, CNEG, en 1992.
8. Publicación por primera vez de las estadísticas académicas de la UNI , en el documento denominado: “ La UNI en cifras”, en 1992.
9. Realización del Primer Congreso Nicaragüense en la rama de Ingeniería y Arquitectura, en la Carrera de Ingeniería Química, en 1993, con financiamiento de SAREC.